Учитывать РПН Т и АТ в АРМ СРЗА можно, на мой взгляд, только двумя способами.
1) Сделать задание, в котором прописать измененные ветви трансформаторов в схеме АРМ, соответствующие нужным положениям РПН. Задание сохранить, и каждый раз "подгружать" это задание при расчете.
2) В самой схеме нарисовать несколько трансформаторов, ветви каждого из которых будут соответствовать какому-то положению РПН (например, три трансформатора для максимального, среднего и минимального положения РПН). Отключить выключателями все трансформаторы, кроме одного. Затем, в расчетах, включать и отключать нужный трансформатор. Но это, само собой, загромождает схему.

Добавлю, что можно привести сопротивление трансформатора к регулируемой стороне (скажем, 10 кВ). Z=uk%*Uном^2/Sном, на регулируемой стороне Uном=const.
Если uk% меняется при регулировании слабо (чаще всего так и есть), то можно просто крутить коэффициент трансформации, а сопротивления не трогать.
     Кт     
  |-OO----Zt----|
110кв             10кВ

Также есть вариант - если сопротивления все-таки приведены к нерегулируемой (скажем, 110 кВ) - поставить перед собственно трансформатором ветвь типа 3 с малым (близким к нулю) сопротивлением и Кт=1. Когда надо будет покрутить РПН, ставим Кт=1.12 или 0.88 или сколько там получается.

Если трансформатор трехобмоточный (допустим, 110/35/10), он моделируется трехлучевой звездой, обычно как-то так:
                          Ктвс
|--Zв----|----Zc--OO-
             |----Zн--OO-
                          Ктвн

Вот можно ветвь Zв сделать типа 3
  Крпн                     Ктвс
|-OO-Zв----|----Zc--OO-
                 |----Zн--OO-
                              Ктвн
Или сделать вот так
  Крпн                            Ктвс
|-OO-|----Zв----|----Zc--OO-
                        |----Zн--OO-
                                    Ктвн

Это позволяет крутить ПБВ и РПН независимо друг от друга.

Крутить коэффициент, конечно, лучше всего через приказы АРМ СРЗА, т.к. если будет какая-то ошибка, то она будет в приказах, а не сохранится в модели навечно.

!!! P.S. следите, как называется у вас ветвь типа 3!
0 1-2 или 0 2-1 - "трансформатор" будет стоять в одном случае возле узла 2, в другом - возле узла 1. Если напутаете, сопротивление может быть приведено не к тому напряжению. В принципе, это будет видно при нажатии "расчет напряжений" - по цветам в схеме, но все равно нужно об этом помнить и следить.