Если еще актуально. Конвертируется конфигурация автоматически при выкачивании из терминала. Связи никакие не теряются, конфигурация будет 100% рабочая, но происходит смещение блоков (входов, выходов и связей), что приводит к визуальной паутине. Но это легко исправляется в редакторе: просто перемещаете в свободные места не удаляя связей и модулей.