Давайте начнем определяться вот с чем. Если мы хотим учитывать систему, которая остается на стороне ВН, то при переходе через трансформатор ее сопротивление меняется квадратично. В зависимости от мощности трансформатора при сопоставлении его расчетного сопротивления со стороны 0,4 кВ выходит так, что вышестоящая система крайне мала и ее учет не имеет особого смысла. В вашем примере к тому же прямо сказано, что на данном этапе расчета кабель еще не определен, поэтому при первой итерации его могут и не учитывать. В таком случае данный расчетный ток КЗ позволяет грубо прикинуть кабели в первичной схеме, после чего делается повторный расчет с учетом их сопротивления.

Проблема в том, что я никогда не считал уставки (был наладчиком, а нам всегда выдавали их или забивали то, что есть)

Кабель уже проложен, уставки выдали готовые на эту ТП, но судя по всему, проектный институт на стал заморачиваться и посчитал уставки, в котором источник бесконечный. А теперь приходится пересчитывать согласно реалиям. Мне принесли в качестве примера данный фаил, чтобы начать расчет, но меня смущает, почему никак не учитывается кабель от источника до нашей ТП. ТАк же смущает вопрос, а уставки Isd и другие для автомата тоже посчитаны проектным институтом согласно бесконечному источнику или они все таки Isd как то отбирают в зависимости от расчетной нагрузки потребителей (главное, чтобы по чувствительности проходили для минимальных токов)?

Давайте начнем вот с чего. Как таковой методики расчета уставок на автоматы у нас не существует. Это в РЗА можно открыть Шабада и более-менее по нему что-то сосчитать. По автоматам есть некоторые рекомендации производителей, но там ничего особо толкового нету.
Наиболее адекватная рекомендация это согласовать секционный АВ с АВ отходящих линий. Ток ступени селективной отсечки согласовать с током отсечки самого большого АВ на ОЛ с неким коэффициентом согласования 1.2-1.3. По времени принять время отключения нижестоящего АВ + ступень селективности. Ступень перегрузки по времени/току отстроить графически, построив КС. Особое внимание уделите проверке времен. Ступень li можно отстроить от тока КЗ на шинах с Кч 1,5, но тогда надо проверять все ТКЗ на отходящих линиях (если линии короткие, то ТКЗ могут быть достаточно высокими, чтоб был возможен пуск данной ступени). Иногда из-за этого приходится ее загонять в крайний диапазон по току в виду невозможности ее вывести.
Ввод отстроить от СВ по аналогичной методике, при этом обязательно проверить на согласование с вышестоящей защитой.
В итоге у вас должны получиться примерно вот такие КС с набором уставок для автоматов.