Во-первых, не БПФ, т.к. оно выдает набор гармоник, а не одну. Не вижу смысла ковырять гармоники, не кратные 50 Гц, кроме каких-то частных случаев. Так что просто ДПФ на 50 Гц, возможно, какой-то более эффективный алгоритм.

Вешать все трансформаторы тока и напряжения на одну шину, и закидывать это дело все на один, может, два, сервера? Ненадежно.

Компьютеры хороши тем, что могут решать вычислительно сложные задачи. Но релейная защита по вычислительной сложности и накрученности алгоритмов далеко не впереди, и нет большого смысла городить какие-то сверхсовременные устройства для осуществления, в общем-то, не так уж и сложных функций. Это как напичкать электроникой дверную ручку в ванной.
А вот надежность является как раз таки решающим фактором, - нетрудно представить, какой хай поднимется при погашении города, и сколько нулей будут иметь цифры убытков. Поэтому лучше много независимых терминалов, чем один монстр. Или вообще какая-нибудь электромеханика. Жили вроде и с ней нормально.

А что касается того, что сделать программы отдельно, а терминалы отдельно - в принципе, здравая идея, но вряд ли в обозримом будущем к такому варианту придут, по крайней мере, пока на рынок РЗА не вышли какие-нибудь крупные производители каких-нибудь универсальных устройств автоматики. Видимо, все эти стандарты типа МЭК 61850 писались как раз под таких вот деятелей.

Число ПК на все Земле огромное, и производятся они в не менее огромном количестве (многие миллионы), используются для большого количества нужд, поэтому одной компании, даже крупной, не вытянуть на себе разработку всего железа и софта, сохраняя при этом конкурентоспособность и получая нормальную прибыль. Поэтому компьютеры производятся по частям, кто-то лепит процессоры, кто-то - материнские платы, кто-то  - видеокарты, кто-то - корпуса, кто-то софт и т.д.

А сколько в стране, интересно, существует всего терминалов РЗ? Может быть, несколько сотен тысяч. Покупается при этом не так уж и много новых терминалов, может, десятки и сотни. А чисто технический функционал там не такой уж и сложный по сравнению со многими программами, которые сейчас стоят у всех на ПК.

При этом одна компания может вытянуть если не целиком, то, по крайней мере, большую часть процесса изготовления терминалов и ПО к ним. И она же обязана заниматься техподдержкой "пользователей", тратить усилия, чтобы все работало, как надо, а иначе никто ничего не будет покупать вообще.

Неудивительно, что такие компании загибают цены на терминалы много дороже, чем на персональные ПК, хотя последние наверняка сложнее. И вряд ли они готовы вынуть деньги у себя из кармана, позволив "пользователям" не покупать у них терминал, а поставить какой-то универсальный ящик копеечной стоимости и залить туда не менее универсальный софт, который, в силу относительной несложности, даже пиратить, может быть, не понадобится, - его вполне могут написать какие-нито "добрые дяди" и выложить в инет под лицензией GNU с открытыми исходниками.

Посему компаниям, занятые в сфере создания систем РЗА подстанций (железо и ПО) выгодно плавать под знаком копирайта и делать терминалы, части которых "железно" несовместимы с конкурентами и более старыми моделями, а ПО наглухо привязано к конкретному железу.
С другой стороны, а кому до этого есть дело? Вроде бы ставят терминалы, вроде бы работают, опять же, не так уж их и много, убытки от подобного положения дел получают жадные буржуины, и пока естественное желание производителей терминалов получать прибыль не перейдет до уровня маразма (типа терминалов, которые нужно менять ежегодно), вроде бы все в порядке. Поэтому выпускаются всякие стандарты и т.п...