бывалые посоветовали, что настройку лучше производить на генераторе, находящемся в работе некоторое время или остановленном, но уже с притертыми щетками, т.к. от их притертости и зависит емкость цепи. Заводчане ответить затруднились.

Все емкости можно измерить на остановленном оборудовании, существенного их изменения от того, в работе генератор или стоит не будет. Естественно, что измерение емкостей рабочего и резервного возбуждений необходимо производить при всем подключенном оборудовании (выпрямительный трансформатор, преобразователи, ротор, вторичные цепи измерений, подключенные к цепям ротора и т. д.) По этим емкостям и производить настройку защиты. При работе генератора на рабочем и резервном возбуждении проверить настройку защиты - как правило дополнительных подстроек не требуется.
Вариант более точный - при полностью собранных цепях возбуждения на стоящем генераторе и производить настройку защиты, т.к. при измерении емкостей и их имитации при настройке возможны погрешности.
От степени притертости щеток емкость цепей возбуждения не зависит, главное  -  что-бы был контакт через щетки, что соблюдается при любой степени их притертости.