Прилетело замечание от заказчика, что заводские схемы в проект вставлять нельзя. Насколько это обосновано.

так, а ссылки в замечаниях на нарушения ГОСТ-ов есть?
Вставлять заводские схемы в проект или рабочую документацию можно и нужно - будет всё однозначно, хуже когда проект согласован и сдан, а при наладке или вводе объекта пришли заводские и они совершенно не бьются, во вот тогда танцы с бубном...

хотя может быть вариант, что заводские разрисованы а бы как, поэтому сами устанавливайте соответствие ГОСТ-ам заводские, а потом уже переносите.