Что-то непонятно. При трехфазном исполнении (если только реле не собраны по схеме "или") в случае ОЗЗ защита никак не должна сработать.
Если перейдете на контроль линейного напряжения, легче не будет. В первом случае снижение напряжения при ОЗЗ будет только на одной фазе. Во втором случае при перегорании предохранителя в одной из фаз на стороне высокого напряжения ТН снизятся междуфазные напряжения на двух сочетаниях фаз. Хотя заметно меньше, здесь отстроиться уставкой проще.
Мне кажется, самым радикальным решением будет блокировка ЗМН по 3U0. Но и здесь основательно голову почесать нужно.

На сепам подаётся три фазы и ноль согласно проекта , логика в sepam только "И". 3Uo не подводится, да и блокировки по 3Uo в ЗМН не указано. На РН 54/160 на других РП у нас проблем с ЗМН нет.

Кстати, речь идет о защите минимального напряжения в описанном случае, или об автоматике ограничения снижения напряжения? Эти термины несложно перепутать.

Фабрика окомкования, обжиговая машина, двигатели вентиляторов, вакуум насосы всё 6 кВ, порядка 20 на рп. 2 года всё было спокойно, но недавно проработала змн, при не отключенном однофазном замыкании, выставлено 70% фазное напряжение 1,5 с. Сейчас выставили 50% линейное. Согласно ПУЭ не более70%. У нас на всех рп выставлено 70 процентов, только выполнено на  3 РН 54/160  при трёхфазном снижении.

как правильно выставить уставку змн на SEPAM M41

Вопрос не в том, как правильно выставить, а как правильно задать. Не так много с подобными защитами общался, но есть некоторые наблюдения.
1. ЗМН в качестве компонента РЗА собственных нужд электростанции. Напряжение исчезает (или садится ниже допустимого уровня). Жертвуем малоответственными потребителями для сохранения жизненно важных.
2. ЗМН в распредсети, где противоаварийная автоматика недостаточно доведена. Работает защита от перегруза питающих линий, отключаем на какое-то время (секунды) целый район. От ЗМН отключаются опять же малоответственные потребители (как правило, заведенные под АЧР), ответственные остаются в работе.
Об этом как-то упоминал на страницах http://dororz.ru/cons_19.htm
Что касается системы контроля. В симметричном режиме что фазное, что линейное напряжение контролируете, все равно. в несимметричном должны работать другие защиты. Насколько помню, критерием отсутствия напряжение является его снижение до 0,4 от номинала.
Кстати, речь идет о защите минимального напряжения в описанном случае, или об автоматике ограничения снижения напряжения? Эти термины несложно перепутать.

В таких случаях лучше всего подать режим от РЕТОМА и проверить соответствие уставки подаваемому напряжению...

Кто бы его нам купил! Урезать и сократить. Только что подешевле.