1) Начнем с того, что если мы выбираем оборудование, то нафиг нам нужно мудрить с фазами ЭДС и т.п.? Нужно задать максимальный режим, чтобы ТКЗ был максимально большим. Я когда-то делал расчеты (наверняка их делал давно кто-то еще, просто под рукой книжки не было нужной), у меня получилось, что ТКЗ максимален при совпадении фаз ЭДС между собой, если все ветви имеют чисто индуктивное сопротивление. Реально максимум идет при каком-то угле, но он небольшой, градусов 5-10.

А если учесть, что схемы расчетчики для выбора оборудования (а его выбирают проектные организации, как правило) собирают по принципу  "как можно проще", т.е. никаких активных сопротивлений, все объединяют, что можно объединить, сопротивление трансов - без учета РПН/ПБВ и т.п. - то там погрешности могут идти довольно значительные. И реальной схемы у проектных организаций обычно нет, собирают с бору по сосенке из чего дадут. Так что гоняться за "методической правильностью" нет никакого смысла.

Интерфейс да, в АРМ СРЗА кривоватый, и рисовать там приходится очень долго. Я бы добавил горячие клавиши, чтобы можно было рисовать узлы и ветви, не отрываясь на дурацкие менюшки где-то в неудобном месте экрана. 

2) Доаварийный режим работы может быть учтен при выборе уставок защит. Приказ НАПР-Г.
АРМ СРЗА заточен (не сказать, чтобы совсем супер, но заточен) именно под выбор уставок, там можно сделать готовые наборы приказов для расчетов, которые, если придется поменять данные сети или что-то подключить, достаточно просто протыкать подряд. Также там можно задать фонд защиты и не париться с держанием уставок в голове или на листочке. Наконец, там есть возможность вывести протоколы расчетов в текстовый документ.

P.S. Из бесплатных продуктов можете попробовать ELPLEK и InterPSS. Последний является опенсорсным, и при желании его можно поуродовать, если есть умение программировать на Java. Я когда-то его ковырял, но времени и терпения не хватило заняться им, как следует. Недостатки обоих программ - вроде бы нет возможности задания магнитных связей между цепями.

Ах да, есть еще ATP-EMTP. Теоретически он бесплатный, но распространяется по какой-то кривой лицензии с неразглашением, имеет (из того, что я находил) два рисовательных интерфейса. Один из них бесплатный и кривой (не очень удобна сборка схемы, задание параметров и т.п.). Второй платный (есть пробная версия) и прямой, но за полнофункциональную версию, где можно нарисовать норм. сеть, придется выложить пиастры. Сам по себе АТП-ЕМТП можно, правда, не самый свежей версии, найти в интернете на файлообменниках. Мой вердикт: навороченная программа (может, даже похлеще матлаба с его симулинком), но юзабилити ниже среднего. В старину в нем (о ужас) вводили схему  т е к с т о м (!).

Для напряжений 0,4 кВ и (вроде бы) 6-10 кВ можно найти в инете программы то ли от АББ, то ли от Сименса, то ли от Шнайдера...

Ну, про матлаб и симулинк, надеюсь, вам известно.