После реализации проекта (я правильно понял "существующие схемы"?) и последующего изменения конфигурации прилегающей сети и соответственно режимов добавление функций и изменение алгоритмов может быть очень даже оправдано. Если Вам "спустили" проработанное техническое решение, соответствующим образом оформленное - почему бы и нет?
Не далее как на следующей неделе предстоит "допилить" шкаф на предмет возможности выбора трех групп уставок (в проекте одна).

В связи с критическим настроением отвечающих поясню текущую ситуацию: в настоящее время годовой объём внеплановых работ по РЗА превышает годовой объём плановых работ.

Внеплановые работы включают в себя:
- внедрение массового телеуправления вводными выключателями 6-10-35 кВ и выключателями отходящих присоединений 6-10-35 кВ. При этом во многих случаях требуется значительная переделка схемы управления, привязка к АСУТП и т.д.
- массовое увеличение объёмов ТИ и ТС;
- замену реле останова ВЧЗ с РТ-40 на РНТ-565 (отстройка от БНТ), естественно, с повышением загрузки ТТ;
- ТИ нагрузки присоединений, заведённых под САОН;
- массовая привязка новых выключателей 6-10 кВ к старым схемам управления "на коленке";
- реконструкция токовых цепей основных защит ЛЭП 110 кВ+ с целью установки дополнительных переключающих устройств;
- реконструкция основных защит ЛЭП 110кВ+ с установкой реле РТФ для отстройки от НПФ режимов.

Всё вышеперечисленное требует разработки новых схем РЗА и их реализации "хозспособом".

Также в этом году мы выполняем внеплановое ТО (профконтроль) всех защит всех тупиковых подстанций (по указанию вышестоящей организации).

Данные работы накладываются на плановый график ТО УРЗА, который с введением Минэнерго индексов готовности к ОЗП надо строго соблюдать.

Собственно, тема начата не по причине нежелания работать, а по причине желания выполнять плановые работы в полном объёме. Для этого я спросил ссылку на НТД, которое предписывает выполнять изменение схем РЗА (существенное) только по проекту. Такая ссылка помогла бы мне обосновать необходимость выполнения ряда из вышеперечисленных работ по проекту, с привлечением порядной организации для СМР.

p.s.изменения алгоритмов работы защит для приведения их в соответствие изменившемуся режиму работы сети и прочих "полезных" работ никогда не отказываемся.

Кто сталкивался , если уже в частично реализованный проект, естественно РЗА, требуется  внесение изменений в рабочую документацию, то нужно оформлять, дополнение к Техническому заданию на рабочую документацию ? Или же Техническое задание на корректировку РД ? . Где можно почитать про это в НТД ?

Нигде вы это не прочитаете для всех случаев. Это все индивидуально. вы в этом году скорректируете РД, а торги на СМР и наладку будут через два года, когда могут поменяться часть требований и стандартов. И потребуется не торги на СМР, а новая корректировка.
С этим постоянно сталкиваемся. Купили в прошлом году объект, на который выполнен проект у бывшего собственника, а мы не ставили в приоритет его выполнение, может быть лет через пять. Конечно потребуется корректировка РД.
Форма корректировки зависит от уровня ведения объекта смежниками и диспетчерскими центрами. Если оборудование или объект только наш, то сразу запускаем СМР с корректировкой проекта.

Спасибо за ссылку на НТД.

Доведу до абсурда пример, конечно не вымышленный. Но это только пример. Ситуация следующая, Часть оборудования ведена в работу, допустим введено в работу 50 % оборудования, однотипные присоединения ВЛ 110 кВ. После не длительной эксплуатации не правильная работа одной из функций защит, причина, ошибка в схеме, ни кто не обратил внимания, и выяснилось лишь после КЗ.

Дальше уже вопрос чисто теоретический, по факту без слов исполнитель внес необходимые изменения в схему, изменил РД, и вопрос благополучно решился. Но как нужно формально подходить к вопросу.
Вот в чем дело. Так как все согласовали и претензии уже не предъявить, и  это уже не гарантийный случай (не будем подвергать сомнениям) . То есть нужно получается придерживаться к какому то порядку, допустим процедура следующая,  оформляется тех задание на корректировку РД, и так далее, меня интересует именно как это все регламентируется. И нужно ли если вносим изменения в РД вносить изменения в ПД ? То же интересует не здравый смысл, а именно с точки зрения буквоедства.   Вопрос что должны в рамках гарантийных обязательств все безвозмездно привести в порядок, да еще покрыть расходы в связи с недоотпуском  электроэнергии, и повреждения смежного сетевого оборудования даже прошу не поднимать, это не технический вопрос.