И что тут непонятного? У Вас в исходном устройстве нет так называемого "системного" интерфейса по Modbus (он физически есть, но отключен). Вы его подключаете. И у вас "по умолчанию" (заводские настройки при наличии того или иного системного интерфейса) часть стандартных сигналов в него (или через него)"передается" (или появляются новые уставки). Это и показывается в отличиях. Это хорошо будет видно в матрицах ранжирования. В "исходном" интерфейсе столбика "системный интерфейс" не будет (или будет, но другой). А во вновь созданном появится Modbus.

В прошивке модуля сложностей нет. Единственно, чтобы питание не прерывалось и шнур случайно не "оборвался" (отсоединился). Настройки модуля (и терминала) будут "заводскими", все равно придется "руками" что-то  "прописывать" и "инициализировать" терминал. При инициализации все "перезаписывается"... Перезагрузка будет в любом случае. Насчет изменений уставок в режиме "он-лайн" или "офлайн": тема для меня не очень понятная... Производитель рекомендует менять уставки "офлайн", потом подключаться к реле и "загонять" их туда. Обычно, при опытах или учебе с этим "не заморачиваются" и меняют все в режиме "онлайн". У меня с этим лет 10 никогда не было проблем, но пару раз потом натолкнулся на интересную вещь: "загнал" в реле новые уставки (он-лайн), провел опыт, получил результат. Реле выключил, утром пришел, повторил опыт - результаты другие. Начинаю разбираться - уставки (которые менял), "вернулись" на прежние... Сделал как положено (в офлайн с последующей передачей в реле), отключил питание, снова подал = все нормально... С чем связано, непонятно, разбираться времени не было... Может реле такое попалось (память), может буря магнитная... Но это было  пару раз за 15 лет.... Может вам повезет больше....