Здравствуйте! Так и не понял серые столбцы без крестика это привязка по защите к вых. реле или нет . И в настройках Назначение логических входов как пользоваться.
1. Серые столбцы без крестиков - это значит использование вых. реле согласно стандартной логике управления выключателем:
   О1 - команда на отключение,
   О11 - команда на включение,
   О2 - блокировка включения.
   О4 - контакт готовности Sepam, watchdog, отключать не рекомендуется.
2. Назначение логических входов - определение логики работы Sepam при приеме лог. 1 (или 0) соответствующим входом Sepam. Блокировка телеуправления, логическая селективность, переключение групп уставок, внешнее отключение и пр.

Это есть в инструкции. Про выходные реле - см. логику управления выключателем.
Про дискретные входы - тоже в разделе Функции управления и контроля найти информацию.
Серые и черные столбцы, красные и белые строчки - не уверен, что информация есть. М.б. в help-е на программу. Но, вроде, и так интуитивно понятно.