Какое устройство опрашивает SEPAM? пром ПК, контроллер или сервер портов?

Модуль связи ACE 949-2, насчет терминатора ошибся, да в конце линии включили 150 Ом перемычкой на модуле связи. Разбить на сегменты шину не получиться, так как объект на стадии сдачи в эксплуатацию. Сейчас, на одной шине 6 сепамов, на второй 10 сепамов. С каждого нужно собрать по 5 сигналов. Немного лучше стало работать при подключении к шине по одному сепаму, а не все скопом, но это по 2 сигнала с сепама. Период опроса установил 800 мс, скорость 9800 (19200 очень плохое соединение). Длина линии в пределах 100 метров.

А какой кабель используете (спец RS-485 или FTP)? Если FTP, то у него волновое сопротивление 100 Ом.
Терминаторы с обеих сторон? Нет ли ветвлений в линии RS-485 (все устройства должны быть соединены последовательно)?

Кабель FTP, думаете перепаять резистор на конечном АСЕ или высчитать и допаять параллельно еще один.  Терминатор с одной стороны (кабель со шкафа телемеханики соединяется с началом шины в первой ближайшей ячейке). Ветвления есть, я так понимаю. Схема следующая: шина rs485 собрана на промежуточных клеммах в каждой ячейке, с промежуточных клемм провода уходят на модуль АСЕ, а с модуля уже специальным кабелем в порт "С" Сепама. На форуме прочитал, что такая схема называется дерево. И на модулях АСЕ остается незадействованным одна клемма (V+,V-,L+,L-).

То, что в данном кабеле идут и другие шлейфа с нормально работающими оконечными устройствами - не показатель. В любом с.лучае имеются индивидуальные монтажные участки, к тем же самым МП защитам.  Кинь времянку от места установки контроллера до сепамов, в том числе и между сепамами, тем более что длинна 100м. По полу и земле прямо и кидай. Пересади шину с сепамами где пропадает связь на времянку, протести и жди результата.

Были такие ситуации, в 90%  - электромагнитные помехи и симметрия параметров канала связи.

У нас двухпроводная линия и питание 12 В  приходит только на один клемник с опретока в каждой ячейке отдельно, второй клеммник вообще не задействован. По вашему, как нам лучше поступить в таком случае?

В идеале, проложить отдельные кабели RS-485 для каждой шины и выполнить подключения в соответствии с заводской документацией (исключить Т-образные подключения, правда, если там метровые отростки - ничего не поменяется). 
Кабель FTP может быть использован при очень коротких расстояниях 30-40 м, когда и согласование то не нужно.
Можно попробовать согласовать (подобрать сопротивление со стороны сепамов опытным путем), но это задачка, которая может и не иметь решения. Вот статейка для общего развития: http://habrahabr.ru/post/145612/ .

Сепамы 40 отлично работают и с Т-образными подключениями (например в ячейке стоит ПР-3, в которой разводится кабель на сепам и на ПР-3 в следующей ячейке)
Проверено и работает на объектах.

Видимо починил...