Просмотрите сборку токовых цепей. Что касается величины нагрузки, то при столь незначительных вторичных токах и нагрузка на ТТ мала . А чтобы получить такое влияние нагрузки на вторичный ток нагрузка должна возрасти многократно, что опять же приводит к проверке правильности сборки токовых цепей.

Меряли и на закоротке на токовом клеммнике, и в ДЗТ и в МТЗ все аналогично, и углы одинаковые, нагрузка неболшая, только терминал Сириус-Т и Сириус УВ. Схема подключения обычная.  От ТТ концы по И1 и И2 в клеммник, там по полярным параллелятся, потом собираются в полную звезду и в терминал, терминал конечный, земля в шкафу в опу. По МТЗ аналогично, только используется один керн.
Схема шкафов с завода не прикладывается, завтра уменьшу. И на терминале Сириус УВ не отображаются токи фаз В и С, хотя вафом меряю, они присутствуют.

Чудес в электротехнике не бывает (бывает контакт где не должен быть или отсутствие последнего где надо) советую проверить изоляцию относительно земли и между обмотками.
Был в моей практике случай когда два независимых ТТ на одном вводе элегазового выключателя оказывали влияние друг на друга (векторная диаграмма также не шла). Изоляция была в норме, но после разборки ТТ на вводе и прокладки стеклотекстолитовой прокладки между бубликами влияние прекратилось. Эффект так и не удалось объяснить с теоретической точки зрения, но после наших шаманский штучек все заработало. Кстати один ТТ был диф. защитный а второй рез. защит.

И сравните с векторной диаграммой и величиной токов, измеренных на встроенных ТТ, откуда раньше брали. Может все дело в первичке, в нагрузке по первичке?

Только сейчас сообразил посчитать нагрузку. Приблизительно 0,1..0,15 А по вторичке. Ктт=300/5. То есть не более 10 А по первичке.
Коллеги! Да при таких токах нельзя оценить векторную диаграмму. Впрочем, не я один это сказал. А вектора в ту сторону смотрят. То есть, вроде явных "косяков" нет. А дикие погрешности - от малых токов. В общем, нагрузка нужна побольше.
Простите за повторения.

Высказаны две причины: характер нагрузки и очень малая величина. Третьей может быть ошибка в сборе цепей, но при соединении в звезду ума не приложу, какой она может быть.
Так что разложим яйца по корзинам: в правую - белые, в левую - остальные. Где-то затерял книгу Королева Е.П. и Либерзона Э.М. "расчет допустимых нагрузок в токовых цепях релейной защиты". Но слабые воспоминания есть, что обмотки класса Р имеют ограничения не только сверху, но и снизу. В этом случае нужно проанализировать ВАХ на указанном участке или проверить Ктт на реальную нагрузку при этом токе. Нет ли там при случае обмоток класса 0,5 или выше? Эти уж точно предназначены для работы на малых токах.
Второй вариант - неравномерность нагрузки. Верится с трудом, тем более стабильной она быть не должна. Впрочем, если есть тяговая нагрузка, более понятно. Что-то два вектора, развернувшиеся на 160 градусов, навевают воспоминания об одном технологическом нарушении сколько-то летней давности, связанном именно с тяговыми подстанциями. Впрочем, там нагрузки куда больше, и можно сравнить с нагрузкой на низкой стороне.

Прокатился недавно снова на эту подстанцию, по ссылки прилагаю векторные диаграммы в режиме прогрузки от постороннего источника и при нагрузке на номинальном напряжении. http://obmen.drsk.ru/link?3bddea260df30 … eb3679ccb7

Вот здесь как-то непонятно, что значит "по полярным параллелятся"? Значит, все И1 одного ТТ объединяются, а выводы И2 называются А4..., В4..., С4..., и отправляются в терминал? Кто с кем "параллелится"? Что значит диаграмма "от постороннего источника? Опыт КЗ? Я бы не доверял ВАФу измерение углов и вообще чего-либо при токе в 15-30 мА.
До этого ТТ перебрали с 600/5 до 300/5, для дифзащиты собрали два керна в параллель и получили 150/5, для МТЗ оставили 300/5. Видел такое только в книжках, включение вторичных обмоток параллельно ... А они не разные, эти обмотки? Ну, смысле, обе 10Р (или 5Р)?.  Попробуйте сравнить то, что получается, с токами от ТТ, которые Вы не трогали, встроенных во вводы 110 кВ ТТ.
Думаю, правильно сделать опыт КЗ, и всё станет ясно. Сейчас ток нагрузки очень мал, соизмерим с током холостого хода, и просто мал для ВАФа. Тр-ра на ПС два, схема позволяет. Подайте напряжение 0,4 кВ на сторону 6 кВ, на стороне 110 кВ включите ЗН. Заодно и правильность включения дифзащиты проверите :)
А разве БПТ не включены "восьмёркой", на разность фазных токов? Сколько же там БПТ? Ранее, надо полагать, эти БПТ были включены на встроенные во вводы ТТ? Мне кажется, слишком много изменений внесено в токовые цепи защиты тр-ра, чтобы можно было обойтись без опыта КЗ.