У нормальной дистанционной защиты есть определения направления по запомненным доаварийным значениям напряжения (поляризация памятью) и определение направление по напряжению неповрежденных фаз (кросс-поляризация), см. например Циглер Г., Цифровая дистанционная защита.
Поэтому разница в месте установки ТН роли сыграть не должна: это действительно почти одна и та же электрическая точка сети, напряжение на разных участках двух объединенных секций действительно почти одинаково, какая-то небольшая разница значений должна надежно перекрываться за счет поляризации памятью или кросс-поляризации.
Направление в ДЗ определяется реверсом тока относительно напряжения,
если вперед - это КЗ после ТТ, когда ток идет от шин в линию, то "назад" - это КЗ перед ТТ, когда через ТТ течет ток удаленной системы с другой стороны линии.