Да, браковать - бракуйте на основании отмененной инструкции. А вот вопрос закупки и комплектования средств защиты за счет тарифа это другое дело. Т.е. выделение средств на закупку СИЗ большой вопрос о правомерности.
На практике, много лет один-два раза в год заказываем плакаты, и кто-нибудь из поставщиков возьмет и отличится, добавив свое словечко в плакат, например, не "Стой! Напряжение", а "Стой!  Высокое напряжение!, или не тот цвет букв или фона. После отмены инструкции, ссылаться не на что, чтобы возместить затраты.
Проблемы могут быть серьёзные с электробезопасностью.

Вы как электролаборатория, ссылаясь всё на туже инструкцию - можете дать заключение - пригодны или нет СИЗ. Принимать или не принимать ваше заключение это право Заказчика. Так же как и покупать или не покупать новые СИЗ. При отмене инструкции - покупку надо будет обосновывать. Конечно первое время никто не будет обращать внимание на СИЗы, если затраты на них будут незначительны в части финансов, но потом очень даже будут.
Немного отстраненный пример, но в декабре текущего года, сдавали три объекта Ростехнадзору. объекты 6-10 кВ. Всё новое и свежее, но без дуговых защит. Когда Заказчик попытался оспорить отсутствие дуговых защит, на вновь построенных объектах, то Ростехнадзор встал на сторону подрядчика, поддержав его, что в соответствии с действующей НТД, дуговых защит не требуется. ПТЭ не предусматривает теперь дуговых защит. Заказчик обратился в Ростехнадзор, не просто так, а потому что в техническом задании было прописано оснастить РЗА, без конкретики, как это делали последние лет 15. Результат плачевны. При вводе в работу, поджарили РУ на одном из объектов, из-за несовпадения фаз. И тот же Ростехнадзор, сказал, что мы проверяем законность, конечно была бы дуговая, то отключилось бы всё быстрее. Аналогично и с СИЗами может быть - например, то что в ПЗ на сегодняшний день будет повреждено не 5% жил, а 50% не повод его менять. Правомерность применения ПЗ, как средства защиты тоже большой вопрос)))
Наверное что-нибудь должны взамен дать.
В Инструкции, заземляющие ножи не относились к средствам защиты, это у многих административных работников, окончивших учебные заведения по блату или без него на тройки, но занимающих сегодня высокие должности вызывало раздражение и недоумение. Есть вероятность, что в новых документах подход к заземляющим ножам будет пересмотрен, в угоду неграмотности.