На стороне 6,3 кВ ток к.з. надо считать без учёта реоктанса трансформатора. Iк.з. будет почти как от системы.

почему без реакт. сопротивления трансформатора

Во-первых, у вас посчитан ток только на НН трансформатора. И приведен к напряжениям ВН и НН.
Во-вторых, ток трехфазного КЗ на стороне ВН трансформатора всегда больше, чем на НН. Потому что:

При этом сравнивать нужно токи, приведенные к одному напряжению.

Ток к.з. на шинах 6 кВ от системы у Вас 14,563 кА. Ток к.з. в конце линии за Хл4 и Rл4 чуть меньше, а за тр-ром 6/3,3 кВ будет ещё меньше. Вообще, за малостью реоктансов линии можно просто пренебречь соприотивлениями Хл4 и Rл4. Тогда ток к.з. за тр-ром будет 6,3/1,73/(0,249+0,873)=3,242 кА.  Всё приведёно к 6,3 кВ.
Для подсчёта тока к.з. на стороне 3.3 кВ надо привести реоктансы к этому напряжению.

Последний вариант расчёта правильный.

Согласен с коллегой. Еще меня смущает, что у вас сопротивление кабеля одинаковое и в случае приведения к 6кВ и в случае приведения к 3.3кВ. У вас насколько я понимаю по маркировке кабеля он рассчитан на 6кВ,а вы его сопротивление когда считаете уже без всяких приведений считаете по 3.3кВ (в последнем расчете).
Обычно мне кажется считают сопротивление до места кз приведенное к ВН, а затем это сопротивление уже приводят к НН.
Возможно и ошибка в 900А вызвано этим.
А то что ток должен быть больше на низшем напряжении, то

Все же трансформатор 6/3.3кВ имеет сопротивление. Не знаю как такие мощные трансформаторы (все-таки 5МВА это не шутки), а маломощные трансформаторы 6(10)/0.4 имеют большое сопротивление по сравнению с системой. Но это правда трансформаторы общего назначения, а это как я понимаю тяговый трансформатор, возможно у него сопротивление тоже большое, вот вам и ответ почему ток КЗ ниже.

В последнем расчете вроде бы сопротивление трансформатора к 3,3кВ приведено... Само собой все сопротивления должны быть приведены к напряжению одной ступени.

Мне удобно именно так считать.

Как по мне так все сделано правильно. Однако позволю себе пару дополняющих ремарок.
Вы правильно отметили, что значения удельных сопротивлений как правило приводят для напряжений 6 и 10кВ. Для того чтобы привести эти сопротивления надо воспользоваться формулой Х3,3=Х6,3*(u6,3/u3,3)^2. аналогично для активных сопротивлений. Или проштудировать справочники. Овчаренко. Козлов. Тот же Шабад приводят много таблиц.
Дальше мне кажется надо также учитывать активное сопротивление трансформатора. Пусть меня поправят коллеги, если ошибаюсь. Формула расчета значится в любом справочнике.
А вообще я бы делал по другому. я бы сначала рассчитал ток на стороне 3,3 приведенный к 6кВ, т.е. без пересчетов, которые вы делаете в самом начале.
А затем получив ток на стороне 3,3, приведенному к шестерке привел бы его к напряжению 3,3кВ. Тогда не было бы никаких проблем с сопротивлением.
И последнее, вам также необходимо посчитать и минимальный ток для определения коэффициента чувствительности РЗа.
А вообще завтра посмотрю по справочникам удельное сопротивление и отпишусь. Кстати странно что у вас линия двухцепная.

Данные кабелей (активные и индуктивные сопротивления) на 3кВ есть в Карпов Ф.Ф., Козлов В.Н. "Справочник по расчету проводов и кабелей". Но у вас ведь кабель на стороне напряжения 6,3кВ? Значит его параметры берутся при "своем" напряжении. Правильно вам посоветовали переводить уже токи, а не сопротивления.