Это происходит из-за того, что Ваши отсечки защищают не только линию, но и части трансформаторов. Обычно, если на линии 3-и и более трансформатора, то ток отсечки соизмерим с броском тока намагничивания. Здесь надо или ОВБ ехать по линии и отключать часть трансформаторов, или уставки по току для отсечки принимать исходя только из тока КЗ в конце линии. Основной защитой для трансформаторов должны являться собственные предохранители.

Как уже сказали коллеги, решений несколько, зависит от того какую РЗ используете.
При МП будут одни варианты, при статических и ЭМ РЗ будут другие варианты.
то что гасится ещё и ввод явно указывает на проблемы в выборе уставок.

Изменение уставки на 0.4 сек на отходящей линии, приведёт к увеличению уставки на вводе, что не айс.
не должно 0.3сек отрабатывать на бросок тока намагничивания, тем более такой величины он ( ток БНТ) когда трансы на ХХ без нагрузки на НН. С нагрузкой и БТН меньше и время броска на может быть 0.3сек.

имхо, очень низкая уставка по току.

Значит надо искать комплексное решение: и логическое, и по уставкам.
отключение 35кВ это уже что то с чем то.
так продолжим погасим электростанцию :-).

Как вариант...
Может блокировать быстродействующие защиты на время включения (с введенными максималками), а через 0,4-0,5 с вводить?... или на это же время их загрублять по току (вроде такие вещи сейчас в терминалах есть)

Настоятельно рекомендую брошюру "Максимальная токовая защита" Михаила Абрамовича Шабада из серии Библиотечка электромонтера. Там как всегда у М.А. все доходчиво и подробно расписано. А реклоузеры или изменение сети… Хотя мечтать полезно.

Ну так ведь деды наши рассчитывали. И не было у них МП защит. Но придется пойти на то, что часть КЗ на линии будет отключаться не ТО, а МТЗ. Здесь только вопрос в объеме повреждений в этих случаях.

Посмотрел схему Вашей ВЛ 6 кВ.
Увидел странную ТП 420 / 2х1000. Интересно какие защиты на этих трансформаторах 1000 кВА? Если на стороне 6 кВ этих трансформаторов не нормальных защит и они защищаются плавими вставками то обеспечить селективность не получиться, тем более напряжение 6 кВ, даже не 10 кВ. Даже если на стороне 6 кВ трансформаторов этой ТП имееся норальная защита МТЗ+ТО то и то будет не просто согласовать защиты. Впервые встречаю подключение не мелкой ТП 2х1000 отпайкой от сельской ВЛ.

Относительно блокировки более чувствительных и быстродействующих защит при включении ВЛ.
При включении ВЛ защиту заблокировать можно контактом реле положения "ОТКЛЮЧЕНО" РПО. Но как блокировать защиты при включении линиии 35 кВ питающую ПС 35/6 кВ.

Здесь можно посоветовать следующее
1. Разобраться с ТП 420 / 2х1000. Такое впечатление что она включена по-партизански.
2. Пересчитать заново токи короткого замыкания и уставки защит. Тем более неселективное отключение ввода 6 кВ на ПС 35/6 сильно настораживает.
3. Можно попытаться увеличить уставки по времени защит на ПС.
4. Токовая отсечка на отходящих ВЛ 6 кВ должна быть отстроена от ТКЗ на стороне 0,4 кВ самого мощного трансформатора. На линиях 6-10 кВ это обычно трансформаторы 400 кВА и очень редко 630 кВА.

Есть ли  карта уставок для этой ПС?.

Дайте параметры системы на шинах 6 кВ в макс и минимальном режимах