Смоделировать как - по реальным осциллограммам или теоретически?

Теоретически там есть одна проблема - неизвестен коэффициент рассеяния между частями обмоток. Его нельзя получить по паспортным данным, нужно либо измерять (это значить - раскурочить трансформатор и понавтыкать отводов на каждый виток), либо рассчитывать по точным данным железа трансформатора (это нужно где-то его чертежи достать, марку стали узнать, во сколько слоев и как обмотки накручены и т.п.). Также его можно попробовать оценить среднепотолочно (по коэффициенту рассеяния для целой обмотки), результат будет тоже среднепотолочный.

Технически после этого наш короткозамкнутый трансформатор превратится в аналог многообмоточного. Его можно разложить на симметричные составляющие, и воткнуть уже в АРМ СРЗА.

А зачем все это понадобилось?

Ну тогда легче... Немного.
Можно попробовать в симулинке собрать схему (хотя она будет несколько косая). Там есть такой элемент - типа многообмоточный трансформатор, и вроде даже с отпайками (только параметры хз как нормально вводить, чтобы транс был похожим на реальный), соединить обмотки зигзагом, коротнуть между двух отпаек да посмотреть.