А здесь учтены трансформаторы с заземленной нейтралью и влияние взаимоиндукции параллельных линий?

Я не пользовался ранее вкладкой ОМП, прошу некоторых пояснений:
- вы берете реально замеренные токи и напряжения, а затем вводите их в схему? Или вы берете токи и напряжения из модели (где одни индуктивности)?

Одной из причин может быть неправильный учет неоднородности сети алгоритмом ОМП. Но это если вы завязаны на реальную сеть, а не так, как у вас - из модели с одними индуктивностями взяли и по ней же ОМП.

Речь идет об одностороннем ОМП. Там делается компенсация переходного сопротивления. Формула при этом сложнее.

Если очень грубо, для 1ф КЗ

L=Im(Ua/Iref)/Im( (Ia+K*I0)*Zуд/Iref)

Iref -опорный ток, классически это либо I0, либо I2, либо I1ав=I1-I1н. Еще более точно домножить Iref на exp(-j*b), b- фаза коэффициента токораспределения в схеме (соответственно, обратной, нулевой либо чисто аварийной схеме прямой последовательности).

См. например, Аржанников Лукоянов Мисриханов Определение места короткого замыкания на высоковольтных линиях электропередачи.

И смысл в том, что полностью компенсировать влияние переходного сопротивления не получается, нужна прецезионная точность задания параметров сети в модели (и во многих случаях - очень сложный алгоритм), да и погрешность ТТ и ТН тоже желательно сделать околонулевыми.
Грубо говоря, ошибка ОМП dL=k*Rf, где k - некий малый коэффициент.
Пока Rf мало, dL мало. Когда Rf велико, погрешность, соответственно, растет очень сильно.

С двусторонним ОМП в этом смысле проще.