На самом деле логические схемы должны быть построены до этапа РКД. Чтобы сразу отсеять производителей, которые не могут выдать определенную проектную логику, заложенную в ТЗ или ОТР. Например чтобы терминал был со встроенной платой под оптические датчики ЗДЗ, или терминал обеспечивал достаточное количество дискретных входов/выходов (например у Тавриды это реальная проблема), или набора функций определенных защит (та же 49RMS, 48/50LR), или или и так далее.
Честно говоря, мне кажется что проектант обленился) раньше рисовали ту же логику с применением электромеханических реле и вопросов не вызывало, потом пошли терминалы с жесткой логикой, где ты вместо половины схемы рисуешь большой прямоугольник с названием А1.

Еще столкнулся что проектанты не хотят считать ТКЗ и делать выбор АВ в цепях СОПТ и НКУ. На запрос уставок в проекте, говорят - ожидайте РКД. При этом после этапа РКД уже невозможно поменять некоторые коммутационные аппараты под другие номиналы, уставки, так как увеличится стоимость, а после РКД зачастую оборудование и стоимость уже согласовали и начали изготовление.

Выиграл тендер, не понимая логики - Ваши проблемы. В задании на проектирование должно быть прописано, в том числе, и выполнение логики.
Шнайдер - особая статья. Пока к эксплуатации не подключился компетентный специалист (единственный в нашей энергосистеме, прошедший обучение на фирме - производителе,  - остальные - так себе, юзеры), логика была никому непонятна.

Почти 12 лет проетирования за спиной. Внедряли УРЗА которых раньше не было и было много вопросов. Так,что теребите проектировщиков.

Программа есть в свободном доступе у Schneider Electric, называется: SFT2841. Первая ссылка в гугле/яндексе по названию. Отлаживать логику в этом ПО без терминалов не получиться, но как программировать терминал в целом увидеть можно.
Не понятно какую логику хотят. Базовые функции все в терминалах есть, необходимо только сконфигурировать назначение входов, выходов и светодиодов.
Можно конечно и что-то специфическое дописать самому, но для этого надо понимание встроенного языка логических уравнений.

Терминалы на среднем напряжении ... там всё более или менее типовое. Есть типовые решения СЭЩ, люди тырят, копипастят ... давайте лучше обсудим. что действительно требует внимания, и может потребоваться что-то подгонять. Тут же форум релейщиков, инженеров?
Понятно, что именно в КРУ есть общие цепи, вроде ЗДЗ, УРОВ, АВР (для CВ и ввода) и сигнализации. Вот в эту сторону и нужно смотреть, как это реализовано, как это будет работать. В защитах отходящих линий едва ли могут быть проблемы.  Но вот уже от типа заземления нейтрали в сети - зависит вид защиты от ОЗЗ.
  КРУ-строительный завод работает по заданию заводу на изготовление шкафов КРУ? Really? Разве они не используют свои, заводские типовые схемы?

Нет, кажется, дело не в этом. Автор беспокоится о том, что (если у SEPAM это и вправду так, видел их только издали) им придётся выдавать задание на ранжирование, т.к. выходные цепи терминала не привязаны жёстко. Ну, если так, то да, придётся. Действие на отключение вопросов обычно не вызывает, а вот "поперечные" связи, вроде блокировки АВР при срабатывании ЗДЗ, или ОЗЗ, если она есть. Тут возможны варианты, и они должны быть как-то решены в проекте. Чтобы наладчики не гадали потом "Что автор хотел сказать своим произведением?"

Возвращаясь к началу - в принципе это (описанное вами) вполне понятный ход вещей, но ... не для среднего напряжения, не для таких массовых случаев. "Логику изменять", скорее всего, не понадобится. Всё-таки главная проблема - это привязка внешних связей, выходных цепей и входных, взаимодействие со "всем остальным". Там один АЧР с ЧАПВ чего стоит теперь, когда противноаварийные автоматчики (В.А., я так специально написал, не опечатка) забрали это в МКПА, а воздействие ... ну, это отдельная печальная история. Повторяю, вот это, привязка к внешним устройствам и схемам,  основная проблема, всё остальное в терминале есть, но, к сожалению, часто плохо описано.

Проектировщики должны разработать логику на основе заводских схем и типовых решений. За "большой прямоугольник с названием А1" и деньги как-то странно брать.
Просто проектной организации не стоит браться за проектирование на оборудовании, с которым нет ни опыта, ни времени разбираться.

Указанные работы могут быть выполнены как проектной организацией, так и изготовителем КРУ / НКУ или наладочной организацией.
Требования по разработке КД и дополнительной логике должны быть прописаны в задании на проектирование, договоре на проектные работы и учтены сметой на проектные работы.
Также эти работы может выполнить и изготовитель оборудования или наладочная организация. Изготовитель оборудования учтет эти работы в стоимости поставляемой продукции.
Проектная организация, если нет дополнительного задания, должна лишь разработать только технические требования.

Методические указания по применению Справочников базовых цен на проектные работы в строительстве. Приказ Министерства регионального развития Российской Федерации  от 29 декабря 2009 г. N 620. Зарегистрировано в Минюсте РФ 23.03.2010 N 16686

СБЦП 81-02-24-2001 Объекты энергетики. Электросетевые объекты. Справочник базовых цен на проектные работы для строительства
Утвержден — Министерство строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации, Приказ № 30/пр от 27.01.2016
Внесен в Федеральный реестр сметных нормативов, подлежащих применению при определении сметной стоимости объектов капитального строительства, строительство которых финансируется с привлечением средств федерального бюджета