1- расчет нагрузочного режима - это с приказом НАПР-Г?
2- расчет ТКЗ - это без приказа НАПР-Г?
3 - у вас расчет ТКЗ с приказом НАПР-Г

И вопрос в том, почему значения из 1 и 2 в сумме не равны значениям из 3.

Видимо, дело в том, что без приказа НАПР-Г  ТКЗ надо считать с холостым ходом. А там нет идеального холостого хода, есть какие-то малые уравнительные токи. И поэтому значения разные.
Для совпадения результатов надо сделать в режиме 2 приказом НАПР-Г строгий холостой ход (одинаковые напряжения по концам линии).

Напряжение при строгом холостом ходе должно соответствовать доаварийному напряжению в точке КЗ из 1 (расчет просто нагрузки). Т.е. если это точка где-то в середине линии, то там может быть не 110 кВ, а какое-то другое число, скажем, (модуль/фаза) 109.5/-1.05. В строгом ХХ надо по концам линии задать как раз эти значения.

Значит, там холостой ход с "не тем" напряжением. При НАПР-Г с нагрузкой в середине линии напряжение не равно напряжению по концам. А холостой ход должен быть именно с тем напряжением, который в доаварийном режиме (НАПР-Г без КЗ) будет в середине линии.

Расчет по методу наложения делается так: в начало и конец линии (в узлы приказа НАПР-Г) включаются источники ЭДС с напряжениями из приказа. Считается доаварийный режим, линия между двумя источниками ЭДС, ток от внешней сети не зависит. Затем ищется доаварийное напряжение в месте КЗ:
Ukдоав=U1-L*Zлин*(U1-U2)/Zлин
Далее все источники ЭДС из схемы выбрасываются, в место повреждения включается источник -Ukдоав. Считаются чисто аварийные токи в схеме с 1м источником ЭДС.
Далее чисто аварийные токи складываются с доаварийными нагрузочными. I=Iдоав+Iав

Соответственно, из метода видно, что если у нас Iдоав=0, то I=Iав, т.е. чисто аварийный ток численно равен току КЗ в схеме на холостом ходу. Но (!) - не просто на холостом ходу, а на таком холостом ходу, чтобы доаварийное напряжение в месте повреждения было Ukдоав. Поэтому надо найти доаварийное напряжение в месте КЗ на линии из приказа НАПР-Г,
и затем сделать холостой ход именно с этим напряжением: НАПР-Г 1 Ukдоав 2 Ukдоав и сделать в нем КЗ. И вот именно такой ТКЗ нужно сложить с доаварийным током из приказа НАПР-Г без КЗ

Одной из первых книжек, где я это увидел, была книжка Федосеев Релейная защита.

Вот набросал расчет в маткаде
metod_nalozheniya.zip

Рекомендую познакомиться с бесплатным аналогом Mathcad - Smath Studio https://ru.smath.com/обзор/SMathStudio/резюме
Встроенная поддержка комплексных чисел позволяет осуществлять:
1. Расчет параметров схемы замещения и их эквивалентирование;
2. Расчет токов КЗ в сетях с односторонним питанием и других электрических параметров
3. Расчет уставок РЗ
4. Анализ осциллограмм РАС (разложение на симметричные составляющие, расчет сопротивлений на реле ДЗ, расчет ОМП)
и много другое, в том числе в нем проводил расчет времени до насыщения ТТ...