При измерении одного и того же (первичного) напряжения разными приборами разные показания. 
1. Измерить (это ведь панель управления ША, верно?) на ряду зажимов одноимённые напряжения третьим, контрольным прибором (наверное, лучше поточнее, но главное - с точностью не ниже той, что дают щитовые приборы). Если результаты совпадают (т.е. если на самом деле вторичные напряжения равны с удовлетворительной погрешностью - отличаются на единицы младшего разряда)  - то к метрологам, заменить приборы и т.д. Не знаю, есть ли ещё где-то поверка и калибровка, или все только этикетки переклеивают :) Во всяком случае, это уже не наша (релейщиков) территория.
2. Если напряжение (вторичное) от одного ТН и от другого и в самом деле отличается при одном и том же первичном напряжении  ... начать проводить сравнение дальше, к панели самих ТН, до переключателей, после переключателей, на кабелях, приходящих из ОРУ. Наконец, до шкафов ТН в ОРУ (там нада как-то исключить/уменьшить эффект неодновременности.
  Но я всё-таки надеюсь, что всё решится по п.1.

А вот пока какие результаты. Просто интересные. Извиняюсь, сразу не написал, что ТН-ы в ОРУ-35кВ, холодно минус-25градусов. Предохранители все в инее, сверху снежные шляпки..
Приехали, замерили напряжение 100В, по факту АВ-126,3В, ВС-102,4В, АС-105,2В.   ,  Отключили ТН, проверили предохранители
мультиметром, фА - 5МОм, фВ-5МОм, фС - 176Ом. Мегаомметром не проверяли. Занесли в теплое место,
через час стало 300кОм, через 2 часа - 50кОм. Заменили все три предохранителя, напряжение 100В нормализовалось.
Предохранители привезут, будем разбирать. Наверняка сгорели, а внутрь предохранителя попадала влага и всё работало через влажный песок.. Никакая сигнализация на п/ст не работала.
Заметили по киловольтметрам, только тогда когда засекционировали секции.
Тип патрона предохранителя ПН 0.1-35У1