О какой схеме подстанции речь идет? Подстанция по схеме "мостика", где действительно секционный выключатель, у которого нет собственных защит (на него действуют защиты линий), или две системы шин, между которыми шиносоединительный выключатель (их собственные защиты на постоянно включаются довольно редко - там, где для обеспечения дальнего резервирования нужно превентивное деление шин). В первом случае понятно, во втором в первом приближении - нет.

Здесь сложнее. Но все же зацепка. Предположим, защиты ШСВ нормально зафиксированы за ТН 1 СШ и прии его выводе переводятся на ТН 2 СШ. До отключения ШСВ это - одна точка с точки зрения электричества. А если ШСВ отключился по какой-либо причине, то независимо от подключения его цепей напряжения его защиты работать не будут, так как через него не протекает ток КЗ. СВ на подстанции "мостик" - другое дело. Аварийное отключение линии, на которой установлен оставшийся ТН, может спровоцировать ложную работу ДЗ (и только ДЗ!) на второй линии, что в некоторых, довольно редких случаях может усугубить ситуацию.
Или есть некоторые дополнительные факторы, мне неизвестные, или это - перебдение авторов соответствующей инструкции. Но для выяснения нужно знать мотивы, которыми они руководствовались. Можно предположить экзотические варианты типа автоматического ускорения защиты в цикле АПВ с контролем отсутствия напряжения на какой-то системе шин, но это - за пределами общепринятых норм.

не очень понимаю, можно ли этого как-то избежать?