Спасибо посмотрим.

Книгу-то смотрел? Ну и http://www.---удалено автоцензором---/ внимательно пошерсти. Там много про Симулинк

Разберитесь, как работать с S-функциями (S-function). Это такие блоки, код для которых может писать сам пользователь. Можно писать их на Си, на чем-то еще, а можно на Матлабе. При этом вроде бы у них будет один вход и один выход, однако и на вход, и на выход можно будет подать массив. Для сведения нескольких сигналов в массив используйте Mux и Demux. На сайте exponenta.ru где-то есть подробный гайд по ним от того самого Черных И.В., автора многих книг по симулинку.

Имхо, S-функции - это то, что нужно: пишешь себе код и не заморачиваешься с соединением хер пойми каких блоков (которые нужно еще все знать и запомнить) стрелочками и прочей мутью.

Да, запускать симулинк-модель можно тоже через матлаб, командой sim('%имя файла%'). Симулинк-модель может воспринимать введенные в воркспейс данные (пишешь Х=5, в модели ставишь какой-нибудь параметр равным Х, он подставит 5). С помощью блока to workspace в воркспейс можно выводить данные и использовать их в скрипте. Т.е. ввел Х=5, запустил модель, вывел из модели значения Y, построил график... Можно далее еще что-нибудь пересчитать и запустить модель повторно...