Хорошо как тогда быть с приводами выключателей, с уличными шкафами? Хоть один современный выключатель имеет сквозную нумерацию клемм внутри привода?

В Сименсе вроде бы один клеммник, но он имеет позиционное обозначение X1 (и это не номер монтажной единицы). За рубежом свои стандарты. Работая по зарубежным правилам на отечественных объектах, можно нарваться на нестыковки, а не хотелось бы самому себе усложнять жизнь. Также нельзя работать по разным стандартам на одном объекте. А задаёт систему стандартов выдающий задание на проектирование или задание на изготовление шкафов.

Я очень редко проектировал изменения в типовых шкафах. Обычно такие изменения вносили в схемы заводские конструктора или заводские проектировщики. Помню, кроме добавления букв, делали номера через точку: 1.1, 1.2, 1.3 и т.д. Редко что-то мудрили с номерами. Чаще всю нумерацию меняли.
Более опытные проектировщики, наверняка, с этим чаще сталкивались.

X120А,Б,В,Г и т.д. Но Сергей89 считает, что нужно перемаркировать весь типовой шкаф, завод-изготовитель должен переделать монтажные схемы на весь шкаф и т.д. Так будет продолжаться до тех пор, пока будут люди согласные на такое.

Если времени вагон и не жалко вашу жизнь, то можно этим заниматься. А если в проекте три подстанции по одному титулу у одного заказчика и нужно выдать документацию "вчера", то вы взвоете от такой работы. Времена изменились.

Вполне нормальный вариант для типовых шкафов. Такую нумерацию видел в приводах выключателей ABB и в шкафах ЭКРА.
Для нетиповых шкафов применять пропуски не имеет смысла.

Если проектная организация взялась за проект, который нужно сделать вчера, то это её проблемы и проблемы заказчика, который поручает заранее невыполнимую работу, которую невозможно выполнить качественно и в срок. Но это уже не техническая сторона дела (совсем другая история).

Объясните мне что такое "ТИПОВОЙ" шкаф. Откуда взялось вообще понятие типовой. За мою долгую работу в релейке я еще не встречал ни одного шкафа, который был бы одинаково реализован, привязан на разных подстанциях. Даже во времена СССР так называемые вами типовые шкафы переделывались под  конкретные условия данной электроустановки. В наше время, когда большую роль играет- цена, заказчик, время то о типовом проектировании можно забыть. Был в моей практике случай когда с "типового" шкафа защиты линии из Чебоксар пришлось снимать весь монтаж и на объекте переделывать. Поставщик подсунул типовой шкаф, его закупили, с эксплуатацией никто не консультировался. В результате - поставщик поставил то что предлагал (он не виноват) В отделе закупок тож пожали плечами, а все это д.... разгребали мы. Невозможно создать типовой шкаф. который удовлетворит желания любого заказчика. Частичные типовые наработки - да применяются

И типовые проекты были, и подстанции есть, похожие как две капли воды. 

В тех типовых панелях перемычками на клеммниках набиралось то, что нужно или исключалось ненужное.

Производители "типовых" шкафов делают свое оборудование на все случаи жизни, таким образом удешевляют свою продукцию (не тратясь каждый раз на разработку под конкретные условия) В результате имеем шкаф полностью забитый связями, клеммами и т.п. И все это "барахло" требует обслуживания и контроля, хотя реально ты используешь 50% схемы "типового шкафа" ИМХО если провод можно проложить без дополнительного вывода на клеммник или другое соединение, то так нужно и делать. Любое дополнительное контактное соединение снижает работоспособность всей схемы. Электричество это наука о контактах - или он есть, там где не должен быть или его нет там где должен быть  :)  И снижая эту вероятность, повышаем надежность.

Хочу заметить, что есть случаи, и они не редки, когда изменение всей нумерации ведет за собой кучу проблем. Во-первых сбивается логика существующей нумерации; во-вторых таких шкафов может быть несколько, а изменения только в одном, что ведет к не однотипности и огорчению эксплуатации; в третьих уже производителю придется кардинально менять свою проектную и конструкторскую документацию,  заново составлять монтажные схемы шкафа/таблицы подключения и т.д. Посему я считаю, что в клеммах с индексами нет ничего страшного, и они полезны, если применены с умом.

В той же мере, что и работающие элементы.

Значит в большей половине случаев.

Нет, но из схемы исключаем по максимуму. Конечно, если плюс или минус разведён по неиспользуемым элементам, тут не всегда удаётся.

Как быть с миллионами контактов в недрах МП РЗА? Оно вообще тогда работать не должно?  На самом деле несколько десятков лишних контактов или перемычек на клеммнике - это 1-2 процента от общего количества контактных соединений в шкафу и погоды они не сделают. В одной только ЭПЗ-1636 как минимум шесть сотен контактов на клемных рядах и аппаратуре. Если сосчитать внутреннюю сторону  цоколей реле и комплектов, винтовые контакты и разъёмы внутри комплектов то это количество запросто подберётся к тысяче. А если ужаснуться количеством паек в тех комплектах, то можно решить, что всё это вообще надёжно работать не может. Но, тем не менее, работает. Некоторым экземплярам уже лет по 50.