Да, земля у нас одна :) Эти два ТН на одной ПС, на одном объекте? Ну да, конечно, иначе как бы вы сравнивали их вторичные напряжения.  Знаете, лучше всего снять и построить векторные диаграммы вторичных напряжений относительно какого-то (любого синусоидального, хоть от ТСН) но одного и того же напряжения. Мне кажется, что получится картинка, показанная Е.Г., ведь их общая точка одна - заземлённый вывод или точка во вторичных цепях ТН. Само по себе это не страшно и не плохо, и даже допустимо (если цепи ТН не используются для РЗА в соответствии с циркуляром Э-8-73).
А какова цель работы? Что означает: ВЛ 220 кВ, отходящая от шин существующей подстанции с ТН только на стороне 110 кВ? Новая линия, пришедшая на шины существующей ПС, у которой есть ТН-20 в конце линии? Насколько помню, проверять фазировку по цепям вторичного напряжения ТН можно тогда, когда они сначала включены под одно напряжение, проверено одинаковое напряжение (достаточно проверить сопадение фаз и снять векторные диаграммы). После этого можно использовать эти ТН для фазировки первичных напряжений от разных источников. У вас АТ на ПС, автотрансформатор? Какой из ТН существующий и используется? Можно схему вновь вводимого ТН изменить на время проверки, и выполнить так же, как схему опорного, существующего ТН.
Ну, и "с точки зрения вечности" лучше всё-таки "нетрадиционное" заземление исправить, и сделать всё по типовой схеме. Иначе не одно ещё поколение будет "спотыкаться" на этом месте.
Приведу пример (а вот ещё был случай). Для электроснабжение золотодобывающего прииска построили линию 110 кВ длиной 150 км, на ближайшую станцию Транссиба пригнали передвижной энергопоезд - и заработало, драги, гидравлики, драгметалл в копилку Родины, на коммунизм (это давно было). Со временем пришла линия 220, при включении этой сети 110 выяснилось, что относительно расцветки фаз на линии и на ПС 220 кВ фазировка на ВЛ обратная. Наверное, был пусковой ажиотаж, как всегда, и не нашли ничего лучшего,  (не надо ничего менять, не трогай того, что работает, стабильность, в общем) как просто перекрестить две фазы прямо на заходе на ПС. Пока защиты были простыми токовыми и НЗНП, "и так сойдёт". Лет через пять линия стала системообразующей транзитной, ДФЗ и ДЗ, тут всё и открылось. И с тех пор каждый новый релейщик (а текучесть кадров была большой) писал в журнале примерно такое: "Внимание! Чередование фаз на ПС обратное, фаза В линии соответствует фазе С на ПС ... и т.д".  Причём предыдущие записи он не читал, конечно, делал ошибки сам, сам на них и учился. Продолжалось это лет 25, пока при полной реконструкции ПС не перезавели наконец провода с концевой опоры правильно, в соответствии со схемой ПС.  Произошло это под нашим (релейщиков и наладчиков) давлением, конечно. Помогло ещё и то, что золото кончилось, драг на прииске  давно нет, как и коммунизма :) Остался только посёлок, ну его отключить легче.