Или можно поставить выдержку времени в 20 мс после каждого элемента "сравнение с уставкой".
Меня больше заинтересовало Ваше сообщение по РТ-40. Это действительно так что оно не срабатывает при однополярных импульсах большой амплитуды? Инерция механики это ясно. Но наверняка можно вдуть так, что ложно щелкнет.

Тут еще вопрос: чем "продавить" достаточно высокоомный вход электромеханического реле.... Не уверен, что РЕТОМ5(6,7)Х позволит.... Но у меня нет ни Ретома, ни РТ40...

А какой характер нагрузки в жилом секторе, кто потребители, известно? И подстанция на каких грунтах установлена и давно ли делали замеры сопротивлений заземляющих устройств?
И еще потребители по 0,4 кВ , приборы учета имеют с возможностью ограничения нагрузки и может быть в них есть встроенный контроль качества электроэнергии?

А нет ли такого, что это какая-то надвигающаяся авария?
Типа от частых ОЗЗ каким-то кабелям капец, и они вот такое показывают?

Вообще выглядит так, словно замыкаются 2 фазы В и С между собой. при этом есть взаимоиндукция одной из этих фаз с фазой А, с другой взаимоиндукции почти нет, и еще появляется в сети с изолированной нейтралью какая-то земля, потому что как иначе и от чего пойдет ток фазы А?

Подтверждаю, что используете не правильных пчел, вот и мед у них неправильный.
То, что нарисовано есть RMS и отношения к Фурье не имеет.
Если нарисовать выход фильтра первой гармоники (в одном масштабе с другими), что собственно и есть Фурье, то есть то, что предполагается для использования в реле тока, то получится правильный мед.

Вы как разработчик утверждаете или это Ваши соображения? У Вас на рисунке вычислен сигнал, обозначенный как "RMS А1 Ia" - это действительно действующее значение, вычисляет действующее значение всего сигнала (со всеми гармониками внутри) и он действительно к Фурье отношения может не иметь. Но выше рассматривался сигнал "RMS #1 (50,0 Гц) (А1: Ia)", который получился после того как в программе, при вычислении действующего значения нужно было указать номер гармоники, для которой мы хотим вычислить действующее значение. Собственно поскольку  рассматривался другой сигнал (мы выбирали гармонику, а фильтр RMS гармонику не выделяет), то без Фурье тут не обойтись. Или я что то не так понимаю?

Машине какая разница Фурье это или Conspirator или Анатолий Карацуба ))) Машина работает с нулями и единицами, которые складываются и умножаются, а результат сравнивается с чем-то. И если площадь прямоугольника, который при разложении аналогово сигнала на составляющие получился в результате вычислений по алгоритму Карацубы, быстрее в два раза, чем по алгоритму, заложенному Сименсом в своих аппаратах, и результат вычислений дает повод отключиться, то всё работает как надо.
Вы смотрите, как сигнал раскладывается, а надо смотреть, как происходят элементарные операции в процессоре.

Нюансы есть.

Простая реализация. Предположим мы делаем расчеты каждую миллисекунду. Тогда окно 20 мс прыжочками по 1 мс прыгает по сигналу. Или что тоже самое, через окно 20 мс шагами по 1 мс проходит наш сигнал. Каждому положению окна (каждому набору точек которые там оказались) алгоритм ставит в соответствие одно число. Совершенно неважно что мы видим в окне: шум, синус, бросок тока намагничивания, переход из режима нагрузки в КЗ. Всегда будет выдано какое то число, которое мы называем "действующее значение составляющей 50 Гц для текущего окна". И если оно выше уставки - пускаем защиту. Можно типа поднять надежность и делать пуск, когда в двух подряд окнах значение тока было выше уставки. В таком виде сработать через 6.5 мс ничего необычного.

Реализация посложнее. Вы пишете что окошко измерений должно "закрыться". Но оно должно ведь и когда то "открыться"? Когда? Это означает, что должен существовать параллельный алгоритм, который будет определять какие-то специфические моменты времени (точки на сигнале), такие что мы считаем что в них что-то такое происходит важное, что об этом важном мы хотим судить не сразу, а только через 20 мс, то есть тогда, когда этого нового процесса у нас будет 20 мс данных. Это называется задача сегментации сигнала. У этого алгоритма будут свои внутренние уставки, свои режимы где он что то почувствует или откажет. Например можно фиксировать изменение тока на 5 А или на 5% от номинального тока ТТ или на 5% от среднего за предыдущие 200 мс. Или алгоритм должен выявлять моменты появления экспоненциальной составляющей или момент выброса или момент насыщения ТТ. Вариантов куча, цель одна - разделить сигнал на однородные участки и для каждого участка аккуратно производить обработку. Тогда на текущей осциллограмме, через 20 мс после выборса, можно более надежно сказать, что в окне есть выброс и его влияние на "составляющую 50 Гц" паразитное и его учитывать не надо.

Реализация может быть разной - сигнал на отключение может идти мгновенно, как только уставка превысит заданную, но этот сигнал может блокироваться, другим сигналом, условия для которого еще не подтверждены или ошибочные.