Есть подозрение, что вот эта регулировочная обмотка по нулевой последовательности имеет большое сопротивление.

У нас тоже была заземлена нейтраль на ЛРТ, потом институт дал ответ, что нужно разземлить

Это там где токопровод выгорел? Помню фото обгоревшего токопровода и грустного мужика в дорогой шапке около него. Или это уже БГЭМ ПЗ забыл...

Согласен полностью с Вами и со здравым смыслом, но отсюда два "но"))
1/ Главное - Почему в ТИ заземлено?
2/ Зачем на нем нужен вывод "0"? Если для заводских проверок - хоть бы тогда колпак какой на него навинтили, чтоб люди задумались о корректности ТИ, когда будут искать ноль для заземления...

Ошибся! ТР, конечно же - типовые решения. Заклинило в голове, что типовая инструкция..
В типовых решениях для ЛРТ на 10 и 35 кВ - "0" заземлен, причем напрямую на контур заземления (через рельс), а не на резистор или прочее.
А проектировщики, когда используют ТР, мозг не включают. Как нарисовано, так и делают.

А вот еще дополнение  - на этой же ПС есть несколько ШР на 10 кВ. И они тоже точно так же заземлены (вывод "0"). Работает эта схема несколько лет уже.

Я поэтому эту тему и создал в студенческом разделе - ничего не понимаю...

Про заземление ШР тут уже есть тема
Шунтирующие реакторы 6-35 кВ. Особенности РЗА
Консенсуса в ней только нет. Но не суть. Это просто для общей картины, которую я не понимаю.
И да, ШРы стоят на секции без сторонних потребителей.

Меня волнует ЛРТ 16 МВА/10 кВ. Который был глухо заземлен в соответствии с типовыми решениями 9660тм-т1 и в котором что-то погорело при однофазном замыкании в отходящей сети 10 кВ/

Это было еще летом, просто только сейчас начались поиски виновных. Осциллограмм нет.
Что новый ЛРТ был заземлен (со ссылкой на типовые решения) - факт в проектной документации, подтверждается фотографиями. Второй ЛРТ (старый, на секции, где только ШР) - тоже заземлен, как и ШР - факт, подтверждается фотами с предварительного обследования ПС (несколько лет так работает).
1ф замыкание в сети 10 кВ было. Продолжительность неизвестна, ток (предварительно) 750 А. Тут тоже мне непонятно, у ЛРТ номинальный ток 900А примерно - что там внутри погорело, что не было расчитано на такой ток?
Завод ссылается на ПУЭ и РЭ - никаких гарантийных ремонтов.
Проектировщики ссылаются на типовые решения и на то, что старый ЛРТ и ШР уже были глухо заземлены, до установки нового ЛРТ.

С ШР 35 кВ есть совершенно однозначный опыт - они были заземлены по проекту. Поскольку включены они были на третичную обмотку АТ (двух АТ), то выявилась проблема не сразу - элементов в этой сети немного. Но через несколько лет после ввода ПС при ОЗЗ на этой ошиновке АТ отключился от дифзащиты АТ.  Написали в ЭСП - они согласились и прислали изменение, разземлив нейтрали и других ШР-35, которые включались уже на шины 35 кВ. Видел года два назад ШР, которым заменили бывший масляный ШР 35 кВ. Это по сути три реактора наружной установки с воздушным охлаждением, стоят на изоляторах, соединены в звезду. Нейтраль изолирована.
  В уже "регистраторные" времена, в 2004-м, на БГЭС при ОЗЗ на 15 кВ отключился блок от дифзащиты блока. Так вот ток нулевой был таким. как будто источником был не генератор 335 Мвт, а ТСН 15/6 кВ мощностью 16 МВА. Нейтраль ТСН была заземлена, и это было проектным решением! Причём заказчик (ЭЦ ГЭС) при монтаже ТСН в 2002-ом подтвердил это решение сомневающимся монтажникам :)
  Относительно подхода "стояло, работало, ничего не было - значит, всё правильно". На одной ГЭС на третичной обмотке АТ связи (500/220/35 кВ) не было (по проекту) сигнализации ОЗЗ на этой ошиновке. Не было там и ТН, правда, но были разрядники. Проработал АТ так примерно 35 лет, и ни одного  ОЗЗ не было. Как в анекдоте - "Не судьба!". Так вот когда при реконструкции встал о вопрос об установке ТН для организации сигнализации при ОЗЗ - недоумённые лица "Зачем?".

Не нужно оно там, но не об этом речь. Уходим от главного вопроса...
Начну точечно спрашивать тогда. Для начала Вас спрошу :)
Вот приезжаете вы на ПС 220/110/10 и видете, что ЛРТ1 и ЛРТ2 по стороне НН (10 кВ) автотрансформаторов наглухо заземлены. При этом  на 1сш 10кВ сидят только ШРы, тоже глухо заземленные, без внешних потребителей (эта связка ЛРТ1+ШРы много лет уже так работает), на 2сш - есть отходящая сеть 10 кВ и ЛРТ2 там поставили недавно. И заземлили его, глядя на старый ЛРТ1 и ссылаясь на альбом типовых решений.
Вот увидели Вы всё это (например, как надзорный орган) - какие ваши действия?